Con tàu được đặt tên theo danh tướng Eugène xứ Savoie (Prinz Eugen trong tiếng Đức). Prinz Eugen thuộc một lớp tàu bao gồm năm chiếc, trong đó nó cùng với Admiral Hipper và Blücher được hoàn tất và phục vụ cùng Hải quân Đức trong Thế Chiến II. Nó thuộc về nhóm thứ hai của lớp tàu này, dài hơn và nặng hơn đôi chút so với hai chiếc trước đó.[2] Chiếc thứ tư, Lützow, được bán cho Liên Xô vào năm 1939 trước khi hoàn tất; và một chiếc thứ năm, Seydlitz, được cải biến thành một tàu sân bay nhưng chưa bao giờ hoàn tất.

Trong giai đoạn vạch kế hoạch và thiết kế, nó còn được gọi là "Kreuzer J" (Tàu tuần dương J). Prinz Eugen được đặt lườn vào ngày 23 tháng 4 năm 1936 tại xưởng đóng tàu Krupp Germania ở Kiel. Nó được hạ thủy vào ngày 22 tháng 8 năm 1938 và được đưa ra hoạt động vào ngày 1 tháng 8 năm 1940 với chi phí tổng cộng 104,5 triệu Reichsmark.